Rooney skoraði eina markið í 1-0 sigri á CSKA Moskvu en það kom ekki fyrr en þegar ellefu mínútur voru eftir af leiknum.
Manchester United var búið að gera þrjú markalaus jafntefli í röð en tókst loksins að skora og fagna sigri.
Sigurinn skilar Manchester United í efsta sæti riðilsins með sjö stig en næstu lið, PSV Eindhoven og Wolfsburg eru með sex stig hvort.
Það var ekki það að leikmenn Manchester United hafi ekki reynt að sækja í fyrri hálfleiknum heldur frekar það að það var ekkert bit í sóknarlotum liðsins.
Wayne Rooney fékk reyndar fyrsta færi leiksins strax á 3. mínútu en skot hans fór rétt framhjá markinu.
Jesse Lingard og Marcos Rojo fengu bestu færi liðsins í fyrri hálfleiknum, Lingard skaut yfir markið á 32. mínútu og Marcos Rojo hitti ekki markið fjórum mínútum síðar.
Manchester United var miklu meira með boltann og reyndi að brjóta vörn Rússanna á bak aftur en það gekk ekki vel.
Louis Van Gaal sendi Marouane Fellaini inná en tók þá jafnfram Anthony Martial af velli. Það var alltof dæmigerð skipting fyrir Hollendinginn sem verður seint sakaður um að taka of mikla áhættu með United-liðið.
Wayne Rooney fékk mjö gott færi skömmu síðar en var alltoft lengi að athafna sig í teignum og ekkert varð úr þessu hjá honum.
Michael Carrick var nálægt því að hitta markið úr langskoti stuttu síðar en fast skot hans fór framhjá.
Seydou Doumbia fékk tvö frábær færi með sekúndu millibili en fyrst varði David de Gea og svo bjargaði Chris Smalling þegar Doumbia fékk frákastið.
United-menn sluppu með skrekkinn og fóru síðan yfir og gerðu eitthvað í sínum málum.
Markið langþráða kom nefnilega á 79. mínútu þegar Wayne Roonet skallaði boltann í markið eftir frábæra sendingu frá Jesse Lingard og undirbúning Michael Carrick.
Eftir 404 markalausar mínútur tókst United-liðinu loksins að skora og það mark dugði liðinu til sigurs.
