BBC hefur eftir yfirvöldum að flestir hafi látist af völdum eldsins.
Julissa Villanueva, aðstoðaröryggisráðherra landsins, hefur lýst yfir neyðarástandi og heitið því að uppræta ofbeldið. Þá hefur hún heimilað lögreglu, slökkviliðinu og hernum að grípa inn í ástandið.
Það liggur ekki fyrir hvort allir látnu voru fangar. Nokkrir hafa verið fluttir á sjúkrahús.
Fangelsið er í um 20 kílómetra fjarlægð frá Tegucigalpa, höfuðborg Hondúras, og rúmar 900 einstaklinga.
Delma Ordónez, sem fer fyrir hóp ættingja fanganna, hefur sagt við fjölmiðla á staðnum að hlutar fangelsisins séu gjöreyðilagðir eftir óeirðirnar.
Spilling og ofbeldi af hálfu gengja eru útbreidd í Hondúras og eru sögð teygja anga sína inn í stjórnkerfið. Morðtíðni í landinu hefur farið ört vaxandi. Mikið af því kókaíni sem ratar til Bandaríkjanna frá Suður-Ameríku fer í gegnum Hondúras.