Alonso skrifaði undir tveggja ára samning við Þýskalandsmeistarana, en talið er að kaupverðið sé í kringum 10 milljónir evra.
Alonso, sem hóf ferilinn hjá Real Sociedad, gekk til liðs við Real Madrid frá Liverpool sumarið 2009. Hann lék 236 leiki með Madrídar-liðinu og skoraði sex mörk.
Alonso varð einu sinni spænskur meistari með Real Madrid, tvisvar bikarmeistari, auk þess sem hann varð Evrópumeistari með liðinu síðastliðið vor. Alonso missti reyndar af úrslitaleiknum gegn Atletico Madrid vegna leikbanns.
Alonso tilkynnti í gær að hann væri hættur að leika með landsliði Spánar. Hann lék alls 114 landsleiki og skoraði 16 mörk. Þá hefur hann leikið fimm leiki fyrir landslið Baska.
Bayern München var dregið í riðil með Manchester City, CSKA Moskvu og Roma í Meistaradeild Evrópu í gær. Þýsku meistararnir mæta Schalke 04 í annarri umferð þýsku úrvalsdeildarinnar á morgun.
Done and dusted: @XabiAlonso is an #FCBayern player! Read more: http://t.co/2aTohJIFoB #MiaSanMia pic.twitter.com/ddGj7YIIfL
— FC Bayern English (@FCBayernEN) August 29, 2014