Aðstoðarþjálfarinn Jonathan Hartmann hættir einnig.
Freyr kom til Kortrijk frá danska félaginu Lyngby í janúar á þessu ári. Liðið sat á botni deildarinnar þegar hann tók við en hélt sæti sínu í deildinni.
„Þetta er erfið ákvörðun fyrir félagið. Við viljum þakka Frey og Jonathan fyrir fagmennsku, dugnað og drífandi persónuleika þeirra,“ sagði íþróttastjórinn Pieter Eecloo í frétt á heimasíðu félagsins. Á þessum orðum má sjá að Freyr var rekinn frá félaginu.
Kortrijk þakkar Freyr fyrir síðasta ár og hina ótrúlegu björgum þegar honum tókst að halda liðinu áfram í efstu deild þrátt fyrir að hafa tekið við liðinu í mjög slæmri stöðu.
Kortrijk segist muni finna eftirmann Freys fljótlega.
Kortrijk er nú í 14. sæti deildarinnar sem er fallsæti. Liðið hefur tapað tveimur síðustu leikjum sínum og alls ellefu af átján leikjum á tímabilinu.
Síðasti sigur liðsins var 3-1 sigur á Mechelen í lok nóvember.
Freyr hefur verið sterklega orðaður við starf landsliðsþjálfara karla en Knattspyrnusamband Íslands er í þjálfaraleit eftir að Age Hareide hætti með liðið á dögunum.